Die offiziellen Beziehungen begannen in den 1960er Jahren. Am 30. November 1961 schlossen die beiden Länder ein Abkommen über den Personenverkehr ab. 1979 ernannte die Schweiz einen Schweizer Konsular-Korrespondenten in Andorra la Vella, der das damals für Andorra zuständige Generalkonsulat in Marseille unterstützte.
Am 25. August 1993 entschied der Bundesrat, Andorra nach Verabschiedung der neuen Verfassung als souverän und unabhängig anzuerkennen. Gleichzeitig wurde die Zuständigkeit des Generalkonsulats in Marseille an jenes in Barcelona übergeben. Mit dem Briefaustausch vom 1. November 1993 und vom 22. April 1994 wurden die konsularischen Beziehungen etabliert.
1995 entschied der Bundesrat über die Aufnahme diplomatischer Beziehungen mit Andorra, und am 16. November 1995 wurde der Schweizer Botschafter mit Sitz in Madrid in Andorra akkreditiert. Seither ist für die diplomatischen Geschäfte der Schweizer Botschafter in Madrid zuständig. Die konsularischen Angelegenheiten hingegen werden weiterhin vom Generalkonsulat in Barcelona aus betreut.