Die Organisation der DEZA basiert auf einer humanitären, einer multilateralen, einer thematischen sowie drei geografischen Abteilungen. Des Weiteren unterstützen und beraten die Abteilung Grundlagen und Qualität, die Fachstelle Finanzberatung, die Fachstelle Kommunikationsmanagement sowie das Sekretariat Beratende Kommission Internationale Zusammenarbeit die gesamte DEZA.
