Le commerce des droits d'émission est l'échange de certificats qui donnent droit à l'émission d'une certaine quantité de CO2. Ces certificats sont attribués et peuvent être négociés et par là les émissions reçoivent un certain prix. Les usines, les centrales électriques et les acteurs du trafic aérien à forte intensité d'émissions sont ainsi incités à les réduire.
Le SEQE de l’UE existe depuis 2005 et porte sur les équipements fixes (p. ex. fabriques et centrales thermiques à combustibles fossiles produisant beaucoup d’émissions). Depuis 2012, il inclut également les émissions des activités aériennes. Le SEQE suisse dans sa forme actuelle a vu le jour en 2013. Au départ, seules les installations stationnaires avaient l’obligation d’y participer. Le couplage des deux systèmes a entraîné l’intégration des activités aériennes et des centrales thermiques à combustibles fossiles dans le SEQE suisse.